Le marquage des hérétiques par le Stigmate est réservé aux Superviseurs ayant commis des actes haineux contre l'ordre, mais qui n'ont pas franchi les limites qui les auraient conduits à l'exécution. Ni contact, ni aide, ni abri ne peuvent être apportés au porteur du Stigmate. La personne en question ne sera plus jamais accueillie par l'Abbaye ou ses filiales.
Lorsqu'il est utilisé, le Stigmate est appliqué sur le front, pour que tout le monde puisse voir les péchés du condamné. Les composants chimiques agissent immédiatement, balafrant l'hérétique à vie.
La salle d'interrogatoire ici au bureau du Grand Superviseur est équipée pour le marquage par Stigmate, en cas de besoin. Le condamné doit être sanglé sur la chaise d'interrogatoire et maintenu lors de l'application du Stigmate. L'outil de marquage est lui aussi gardé dans la même pièce.